Vĩnh Nghiêm Thiền Viện tọa lạc tại số 64, đường Lê Ngọc Hân, phường 1, thành phố Vũng Tàu. Ban đầu Thiền Viện chỉ là một ngôi Niệm Phật đường đơn sơ, bé nhỏ. Năm 1996, được sự hỷ cúng của Chư Tăng Ni phật tử trong cũng như ngoài nước, nhất là Tăng, tín đồ Tào Động Tông của Phật Giáo Nhật Bản như cố Hòa Thượng Yohiokka Toìchi, cố Hòa Thượng Kamegaki Yukio và bà Endo Yoi, cố Hòa Thượng Thích Tâm Giác (1917-1973) đã khởi công xây dựng với quy mô lớn như hiện nay.

Từ năm 1975 cho đến năm 1992, Thiền Viện bị bỏ hoang. Năm 1992 Thiền Viện được chính quyền và Phật Giáo địa phương bàn giao trở về Tổ Đình Vĩnh Nghiêm (Thành Phố Hồ Chí Minh). Với tư cách Trưởng Môn phái Tổ Đình Vĩnh Nghiêm, cố Hòa Thượng Thích Thanh Kiểm (1920-2000) đã cử Đại Đức Thích Phúc Hải, pháp tử của Hòa Thượng, về làm Trụ Trì từ thời gian đó.

Thiền Viện được xây dựng trên lưng chừng núi lớn, mang đậm nét kiến trúc cổ của Đình Chùa Việt Nam. Thiền Viện gồm có Tam Quan, Tháp Chuông, Tháp Tổ, Chánh Điện, Tổ Đường, Tăng Xá và Khách Đường, các tiểu am ký cốt và nhà bia. Từ năm 1966 đến năm 1973 cố Hòa Thượng Thích Tâm Giác đã xây dựng được cổng Tam Quan, Tháp Chuông, Chánh Điện và tăng xá. Trải qua thời gian gần 20 năm không người quản lý, Thiền Viện trở nên hoang tàn. Năm 1992, cung thừa Sư mệnh Đại Đức Thích Phúc Hải về làm trụ trì, bắt đầu công việc trùng tu lại cảnh quan, cung thỉnh thánh tượng Bồ Tát Quán Thế Âm tôn chí ngay trước chánh điện để cho Phật Tử thập phương đảnh lễ. Sau đó, xây dựng thêm các công trình mới như Tổ Đường, Khách Đường, các tiểu am ký cốt và làm nhà bia. Tại Tổ Đường hiện đang tôn thờ Trúc Lâm Tam Tổ (Điều Ngự Giác Hoàng Trần Nhân Tông, Tôn Giả Pháp Loa, và Tôn Giả Huyền Quang) cùng Chư vị Tổ Sư đã khai sơn phá thạch tạo lên cảnh Vĩnh Nghiêm Thiền Viện.

Ngày 30 tháng 12 năm 2000 (05 tháng Chạp năm Canh Thìn) Hòa Thượng Thích Thanh Kiểm viên tịch tại phương trượng Tổ Đình Vĩnh Nghiêm Thành Phố Hồ Chí Minh. Để tưởng nhớ công đức của Chư Tiền Tổ đã dày công khai sáng già lam và tưởng nhớ đến bậc Ân Sư đã tác thành giới thân tuệ mệnh, năm 2001, Đại Đức Thích Phúc Hải đã xây dựng 3 ngôi bảo tháp phụng thờ Tổ Vĩnh Nghiêm tức Thiền Gia Pháp Chủ Thích Thanh Hanh (1840-1938), cố Hòa Thượng Thích Tâm Giác (1917-1973): Khai sơn kiêm Đệ Nhất Đại Trụ Trì Tổ Đình Vĩnh Nghiêm Tp. Hồ Chí Minh và Vĩnh Nghiêm Thiền Viện Tp. Vũng Tàu, cố Hòa Thượng nghiệp sư Thích Thanh Kiểm (1920-2000): đệ nhị đại trụ trì tổ đình Vĩnh Nghiêm Thành Phố Hồ Chí Minh.

Nay công việc trùng tu đã được hoàn mãn, xin ghi vài lời vào bia để tưởng nhớ công đức chư vị Hòa Thượng đã khai sơn tạo cảnh, tưởng nhớ ân đức của Hòa Thượng Nghiệp Sư cùng chư vị Tôn Đức, quý Phật tử đã hằng tâm hằng sản hỷ cúng để kiến tạo ngôi Vĩnh Nghiêm Thiền Viện được tố hảo như ngày nay. Kính nguyện mười phương Tam Bảo chứng minh và gia hộ cho Phật Pháp trường tồn, nhân dân an lạc, ngôi Thiền Viện này mãi mãi là cảnh giới trang nghiêm thanh tịnh để những người con Phật có cơ duyên tìm về cội nguồn của tâm linh, văn hóa của dân tộc như người xưa đã từng nói: